年4月17日，李鸿章在《马关条约》上签字的消息一经传出，神州共愤，被遗弃的台湾同胞更是群情激怒。4月17日晚上，消息传到了台北的英国商行，在商行里干事的中国人听说后，又把这个消息告诉了自己的亲友。因此一传十、十传百，迅速传遍了全台湾。4月18日，群众齐聚巡抚衙门两侧，在这次集会上，爱国诗人丘逢甲起草了一份致北京清政府的电文，斥问清政府：“自闻获警以来，台民慨输饷械，不顾身家，无负朝廷。列圣深仁厚泽，二百余年所以养人心士气，正为我皇上今日之用，何忍一旦弃之？”在电文的最后，台湾民众表示：“臣等桑梓之地，义与存亡，愿与抚臣誓死守御”，“如倭酋来收台湾，台民惟有开仗，设战而不胜，请俟臣等死后再言割地”。

4月19日，台湾巡抚唐景嵩终于等来了清政府复电。复电中，清政府正式向唐景嵩通报了割让台湾一事，并为割让台湾辩护，“台湾虽重，比之京师则台为轻”，又说，“台湾孤悬海外，终久不能据守”，要求台湾民众“勿得逞忿一时”，以“免兹事端，致碍大局”，如果台湾民众不愿卵留在台湾，可以内渡。消息传出，台湾民众被更加激怒了。愤怒的群众围在衙门外抗议，一些士绅进入衙门内，围住唐景嵩，流着眼泪，要求唐景嵩留在台湾固守台湾。4月20日在一片震天动地的锣鼓声中，激怒的群众再次表示他们要誓死捍卫台湾的意志。集会群众相约，如果政府不能与日本改订条约，他们就抗缴厘金，并禁止各盐馆出售食盐，饷银不准外出，制造局不停工，作为台湾人民抗倭的费用，“愿人人战死而失台，决不愿拱手而让台”的标语贴满了台湾的大街小巷。

但清廷割台的决心也更坚定了，光绪皇帝在寄希望外国干涉破灭之后干脆又来了个度的大转变，下令唐景嵩来京，台湾的所有文武官员一律内渡回到大陆。光绪皇帝惟恐这样做还不足以取信国际社会。台湾与大陆的联系从此彻底掐断，台湾人民如欲保卫台湾，那就只好孤军作战了。

在清政府已决意弃台，日本已调军准备进攻台湾的情况下，由丘逢甲倡议、台湾士绅决意组织“台湾民主国”以救亡图存。丘逢甲为台湾的名门望族，因科举而中进士，接工部主事。甲午战争起，丘逢甲组织乡勇助守。在清政府同意割台后，丘逢甲上书要求清政府与日本改约，并力劝唐景嵩继续主持台政。在台湾已被割让无可挽回的情况下，丘逢甲认为既然清廷抛弃台民，但台民不能自弃。这时台湾有一位留过洋、懂得国际法的陈季同，他从国际公法中找到一条依据：“割地须问当地居民能顺从否”，如果当地老百姓不愿意割让，那么，此种割让行为就是无效的。在丘逢甲与陈季同的策划下，士绅们经过一阵短时间的仓促商议，决定成立“台湾民主国”。

5月24日，丘逢甲等以台湾绅民的名义致电北京：台湾属倭、万众不服。唐巡抚代奏台民下情；而事难挽回，如赤子之失母爱，悲惨至极！代查台湾已为朝廷弃地，百姓无依，惟有暂行自主，死守不去，遥戴皇灵，为南洋屏蔽……台民此举，无非恋戴皇清，图固守以待转机。这个电报道出了台湾人民不愿脱离祖国的心声，也说出台湾绅民自主成立“台湾民主国”完全是为了反对日本统治、维护民族独立。5月25日上午，“台湾民主国”正式成立。按照丘逢甲起草的“临时宪法”，士绅们选举唐景嵩为台湾民主国总统、丘逢甲为副总统、刘永福为民主国大将军。另有议臣、内务大臣、军务大臣、外务大臣以及各府县官员。国旗为蓝地黄旗，年号为永清，意即不忘大清。

唐景嵩就任台湾民主国总统是在台湾士绅屡屡劝说敦促之下，而他又无法离开台湾，出于无奈的情况下才同意的。台湾民主国成立后，唐景嵩不仅没有聚集人心，认真进行军事上的准备，以阻止日军登陆，反而很快就把民主国变成了一个专制独裁的小朝廷，他本人也变得惟我独尊、排斥异己。原黑旗军首领刘永福是一个真正懂军事的将颌，他专门从台南赶来台北，请求分担台北的防务，但心胸狭窄的唐景嵩却告诉他，管好台南的防务就行了，其他的事不要多问。丘逢甲劝唐景嵩接受刘永福的建议，以至“唇焦舌敝，继之以泣”，但唐景嵩依然不为所动，反而把刘永福赶到台中去了。

台湾民主国的建立，最初是出于清廷抛弃台湾的义愤，一旦面对节节败退的军事和民主国内部的混乱，各种缺陷暴露无遗，日军在澳底登陆几乎没有遇到什么抵抗。6月3日，日军已经兵临基隆城下，此时唐景嵩已彻底失去信心。当台湾士绅劝他转战台南坚持抗战时，他连一点反应都没有。

唐景嵩终于带着他的亲兵卫队，挟带着民主国的大批银两，乘乱登上了一条德国船，结束了他的民主国总统生涯。6月7日，日军在一批汉奸的带领下进入台北。基隆、台北相继失陷，唐景嵩离台回大陆，驻守台中的副总统丘逢甲、林朝栋等人皆无心再战。6月9日，丘逢甲解散义勇，挟四万两饷银仓皇内渡广东；林朝栋也率其一部西渡漳州。台湾的不少府县官员也纷纷离台。此时距离唐景嵩就任民主国总统只有15天。台湾抗日的重任落在了刘永福的肩上。

危急中台湾人民再选新的领袖，刘永福坚决不任民主国总统，但他承担起领导台民抗日的责任，苦撑危局。

唐景嵩溜了，民主国垮了，台湾民众错选了一个唐景嵩；但台湾的民众没有屈服，这次他们选出了一个真正愿意领导他们抗日的领袖。在台湾民众的拥戴之下，刘永福带领他们组织起来，用极为简陋的武器，抗击日本侵略者。

刘永福在战争爆发之前就已经享有大名，他领导的黑旗军是抗法战争的主力。中日战争爆发后，清廷任命他出任台南军务帮办，他深知台湾的重要性。因此，他虽然已经58岁，但接旨后没有一丝犹豫，立即移往台南，“自问年将六十，万死不辞……愿合众志成城，制挺胜敌。”当清廷割台的动向明了后，他表示愿与台湾共存亡。他坚持不受唐景嵩的总统职位，但却没有推卸抗日的责任。因此，台北沦陷后，刘永福重新布置了台南的防务，整顿了军队，而且跑遍了台南的山山水水，这些都与唐景嵩形成了鲜明的对照。与刘永福站在一起抗日的还有徐骧、吴彭年、姜绍祖等人，他们或是台湾的爱国士绅、或是黑旗军的将领，所辖义军多为当地农民，这些队伍人数不多、武器落后，但捍卫家乡的观念非常强烈，土气高昂，作战极为英勇。

台北沦陷后，日军南下的第一站就是新竹。当时，台中等地几乎没有正规部队，因此日军在南下进军途中虽然遭到了义军的抵抗，但日军凭借优势炮火很快就占领了新竹，这样就对台中和台南构成了威胁，刘永福等人认为保住台南必须首先解除新竹的威胁。因此义军在新竹失陷后立即组织了五倍于敌人的力量向新竹反攻，日军再次凭借优势炮火据城坚守。

日军征服台湾最后一战：嘉义保卫战，刘永福主张用智不用力。刘永福失去任何接济，陷入极困难的境地，张之洞不但不给予任何援助，反而说，刘永福是一个非凡之人，非凡之人能成非凡之事。刘永福气愤地叹息道：“内地诸公误我，我误台民。”

彰化既失，日军征服台湾的最后一步开始了。9月16日，日军在台北成立了“南进军司令部”，统一指挥南进台南事宜。此次日军出动了两个师团共计四万人，一路由正路南扑台南，另一路由海路在台南的侧面登陆。其中，正面攻击由能久亲王率领，海路攻击由乃木陆军中将负责。10月8日，能久兵临嘉义城下。

嘉义是台南门户，周围多为平原，连丘陵地也少，地形不利于防守。深诸兵法的刘永福当然知道这一点，但刘永福还是力争守住嘉义。他指示，守嘉义用智不用力，应该注意多用伏击，埋设地雷，不要与敌人正面接战。因此，守城的王德标与徐骧等人商议，决定在嘉义城外设下地雷阵。10月8日夜间，义军对敌军展开骚扰，敌军难以入眠。第二天，敌军按计划向嘉义靠拢，义军放了一些冷枪，略作抵抗后即退人城中。

日军将领看到义军溃退的样子，估计义军失去斗志，因此下令在城外宿营，准备第二天攻城。由于日军昨晚一夜未眠，再加上一天的袭扰，个个都很疲劳，倒头就睡。半夜时分，埋设在嘉义城外的地雷阵响成一片，许多日军在睡梦中便一命归天，埋伏的义军又冲杀出来，日本皇室的代表北白川宫能久亲王也身负重伤，不久死去。第二天，疯狂的日军全力攻城，日军的炮弹像雨点般地落到城外。一小时之内竟然发射余发。义军上城头抵抗，但终因敌人的炮火猛烈，嘉义城破，义军大部遇难，王德标和徐骧退守曾文溪。

曾文溪距台南仅20公里，日军在这里集结了大量兵力，既有炮兵也有马队。10月20日，进攻开始后，日军凭借优势装备和兵力，枪炮齐发，马步兵各进。义军既无炮兵又无马队，连枪弹也很缺乏，只凭一腔热血与日军激战。激战中，徐骧大呼：“大丈夫为国捐躯，死而无憾”，激励战友们奋勇杀敌。结果，义军大部壮烈牺牲，徐骧也为保卫台湾流尽了最后一滴血。

台湾保卫战已接近尾声。此时，义军抗日的枪械、弹药已经消耗殆尽，刘永福的兵力不但处在绝对的劣势，粮饷也极为匮乏。当时台南的经济远不如台北发达，而且刘永福的兵饷一直由台北拨给。台北失陷后，饷源断绝，台南地区的士绅又纷纷挟资产内渡，使刘永福陷入极为困难的境地。此前，他一直寄希望于大陆的援助。当刘永福接替唐景嵩勇担大任之时，两江总督张之洞要求他“遍谕军民，效死勿去”，支持两月后“不日救兵即至也”。现在，两个月的期限早过了，清廷不但没有派兵来台，反而下诏沿海各处：台事无从过问，所有粮械，自不宜再解，致生枝节。同时严令封锁沿海，禁止官员私相援助。清廷的水师见了洋人畏缩胆怯，但在执行禁海令上却是十分卖力，使台湾失却了与祖国大陆的联系。

刘永福一次次派人去大陆，请求两江总督张之洞、闽浙总督边宝泉等，要求他们接济台湾的抗日军民，但是，他们却寻找借口拒绝了，理由不外乎台湾已是日本领土，“上谕”已经明令禁止援台等等。张之洞还对刘永福派去求援的吴桐林说：“刘永福如果能割据台湾以为中国屏障，那自然胜于倭奴占领台湾百倍。至于枪械弹药问题，我也无计可施，只好请刘永福效法诸葛亮草船借箭，刘永福本来就不是一个平常之人。非凡之人能成非凡之事。如果刘永福成功了，他就是郑成功第二，不成功就做田横第二。”面对如此形势，刘永福深知大势已去，回天乏力，无奈而气愤地说：“内地诸公误我，我误台民。”

10月18日，台湾最后一个城市台南暴露在敌军的炮火之下。19日，日军大举进攻安平炮台，已届花甲之年的刘永福亲自操炮，击毙日军几十人。当天晚上，他终于抛下了台湾的抗日军民，带着儿子和亲兵，乘一艘英国船回到大陆。21日，日军进驻台南。日军至此占领了台湾全岛。但台湾人民的抗日斗争并没有因刘永福撤回大陆而停止，而是在以简大狮、林少猫等人的率领下转入了山区。

自腐败的清廷割台以后，台湾人民以自己有限的力量，进行着反殖民地的斗争。他们在极其艰难困苦的情况下，孤军庭战，重创了日军，毙伤敌人多人，而整个侵台日军伤亡多达，占总数的一半，这个数字比整个甲午战争中大陆军民杀死杀伤的日军人数还要多出一倍。台湾人民用鲜血和生命在捍卫祖国领土完整和民族尊严的史册上，铸造了一座不朽的丰碑。